Substantele organice, cum sunt resturile de fructe sau carne, contin elemente precum: carbon, oxigen, hidrogen, azot, fosfor si sulf.

Exista doua tipuri de microorganisme care se hranesc cu aceste substante organice: 

• Bacterii aerobe, care preiau oxigenul din atmosfera in timpul digestiei si
• Bacterii anaerobe, care preiau oxigenul direct din materia organica consumata.

Procesele prin care substantele organice sunt decompuse in elemente in urma digerarii de catre microorganisme se numesc: biodegradare aeroba, respectiv biodegradare anaeroba.

Substantele produse de bacteriile anaerobe nu contin oxigen deoarece oxigenul din materia organica este consumat de aceste bacterii. Substantele produse sunt de obicei gaze precum: metan (CH4), amoniu (NH3), amine (NH2), hidrogen sulfurat (H2S) si compusi ai fosforului analogi fosfatilor (PH3).

Aceste gaze sunt inflamabile si sunt toxice peste anumite concentratii. Hidrogenul sulfurat este neplacut mai ales pentru mirosul sau urat. Substantele produse de bacteriile aerobe contin oxigen. Acestea sunt de obicei apa (H2O), bioxid de carbon (CO2), carbonati, nitrati, fosfati si sulfati. La o biodegradare completa, gazele degajate nu au miros. Daca volumul de materiale organice moarte este mare, atunci biodegradarea nu este completa, ceea ce poate conduce la aparitia unui miros neplacut la suprafata lichidului din instalatiia de biodegradare aeroba a deseurilor.

Daca deseurile contin chimicale (substante anorganice), acestea trebuie inlaturate prin procese chimice specifice, iar ceea ce trebuie sa ramana sunt substantele organice primare similare deseurilor provenite de la comuniatile umane. Concentratii mari de substante chimice pot cauza moartea bacteriilor, paralizand complet procesul de biodegradare.

MODURI DE TRATARE - ELIMINARE A APELOR MENAJERE PROVENITE DE LA COMUNITATILE UMANE:Fosele septice

Acestea sunt de fapt niste rezervoare hidroizolate subterane care colecteaza totalitatea apelor menajere produse in gospodariile dotate cu apa curenta pentru a fi drenate si grosierul fiind preluate prin vidanjare si apoi tratate in statii de epurare orasenesti. Au marele avantaj ca nu trebuiesc vidanjate des, implicand costuri mici (o familie de 5 persoane consuma aproximativ 1.000 litri apa menajera pe zi) si  nici nu degaja mirosuri neplacute. Aceste dispozitive sunt usor controlabile in caz de avarie si se folosesc de obicei pentru orice situatii cat si situatii temporare (santiere, zone cu retele de canalizare in lucru etc.).

Toaletele uscate

Acestea sunt folosite in gospodariile satesti si se caracterizeaza prin faptul ca nu folosesc apa curenta, produc bioxid de carbon, apa si fertilizanti naturali in cazul in care namolul extras se stabilizeaza pe paturi de uscare. Substantele organice din aceste toalete sunt consumate de viermi si microorganisme, impreuna cu oxigenul din atmosfera realizand descompunerea substantelor organice prin biodegradare aeroba si anaeroba. Impactul asupra mediului este redus datorita procesului natural de colmatare a solului care transforma aceste tipuri de toalete in fose izolate si astfel diminuand pericolul infestarii panzei freatice.

Toaletele ecologice

Toaletele ecologice functioneaza tot fara adaos de apa si sunt utilizate ocazional in zone fara canalizare, cum sunt manifestatii in camp deschis, santiere si care folosesc de obicei substante chimice pentru descompunerea materiei organice dupa care rezidurile trebuiesc transportate si tratate separat.

Puturile absorbante

Acestea preiau totalitatea apelor menajere din gospodarii, pe care le biodegradeaza in mica masura in 1-2 camere de sedimentare, dupa care partea lichida se scurge in puturi cu o adancime suficienta pentru ca apele reziduale sa poata fi preluate in straturile filtrante (balastru) ale solului. Aceste dispozitive sunt ilegale in Romania si in marea majoritate a statelor civilizate din cauza gradului scazut de tratament al apelor reziduale asigurat de biodegradrea anaeroba si filtrarea din sol pana la atingerea panzei freatice, cu sanse reale de contaminare a apelor subterane si imbolnavire a populatiei care foloseste aceasta apa pentru spalat si consum.

Sisteme de tratament pentru comunitati mici (20 - 500 persoane)

Acestea sunt de fapt mini-statii de epurare a apelor menajere cu acumulare de namol, avand aceeasi structura ca si statiile mari orasenesti, cu compartimente pentru sedimentare si biodegradre anaeroba, camere cu aerare pentru biodegradare aeroba si compartiment de dezinfectie a apei tratate inaintea deversarii. Aceste sisteme de tratament necesita un receptor natural care sa poata prelua apa tratata, cum ar fi o suprafata irigabila, un lac, un rau, un canal deversor. Desi necesita investitii mai mari compartaiv cu fosele septice, au avantaje semnificative prin faptul ca se reduce aproape total necesitatea vidanjarii si astfel diferenta de pret se amortizeaza in timp scurt, gabaritul ocupat este mult mai mare, apar mirosuri deosebite.

Retele de canalizare si statii de epurare orasenesti pentru comunitati mari (peste 2000 locuitori):

Acestea reprezinta solutia optima pentru orase si alte asezari umane, unde densitatea de populatie justifica amplasarea retelelor de canalizare si tratare a apelor reziduale. Amplasarea statiilor de epurarea este in afara comunitatilor si totdeauna in preajama unor rauri sau lacuri, conform cu avizele de mediu obtinute de la organele de decizie. Aceste sisteme pot fi combinate cu sistemele individuale de tratament, acolo unde costul canalizarii pentru o locuinta sau un grup de locuinte este mai mare decat cel al unui sistem individual din cauza distantelor mari sau reliefului cu denivelari mari.